Lo que planteas yo creo que se puede hacer perfectamente, al final serán opciones personales.
De hecho, la caja original, según veo, tiene un base (pestaña que llamó Ricardo y eliminó). Yo entiendo que esa base es para apoyarla interiormente a la quilla, habría que diseñar que ahí la quilla se aplanase algo para así, tal base de la caja de la orza, apoyar perfectamente. En el caso de Ricardo, estaba limitado por las aguas que ya formaban sus planchas del fondo del casco.
Entre como lo hizo Ricardo y lo que tú planteas la diferencia en cuanto a efectos en el kayak sobre su eficacia, la de la orza, será que la de Ricardo sobresale más, baja más, pues está colocada esos milímetros más baja de lo que lo haría según tu idea. Porque estamos hablando de mm, eso no lo dudes.
Ricardo podía haber solucionado dejando la base del cajetín y creando una superficie plana dentro de la quilla, p. ej. añadiendo una tablita, pero estaría elevando bastante la posición del cajetín, por lo tanto la orza cuando la bajara, bajaría mucho menos incluso que en tu idea. En este caso quizá mejor hablar de cm en lugar de mm. Sería mucho, a mi parecer, por eso Ricardo optó a su modo.
Pero en tu caso, Toni, siendo de fibra el kayak, el agujero que hagas luego lo tendrás que terminar de algún modo, protegiéndolo para no dejar la fibra al exterior.
Así que yo creo que mejor sería como lo hizo Ricardo. ¿Que te queda visualmente el cajetín?
¿Qué problema hay? Con tal de estar bien protegido/aislado ... sólo será un aspecto visual y en tu kayak no llamaría la atención tanto como uno en madera, creo yo.