silex, no es fácil contestar a tus preguntas porque cada uno tiene sus preferencias, su coche, sus barras, su puerta de garaje, su estatura, su kayak, etc.
Lo que intento decir es que no existe, desde mi punto de vista la fijación "más conveniente" como tú dices.
Dicho esto paso a darte mi opinión personal sobre el asunto.
La ventaja de las U sobre las J es que el kayak va más bajo, más pegado a la barra, lo que facilita la entrada en garajes: libra mejor para pasar sin rozar la parte superior de la puerta y resto de tuberías y vigas que puedan existir en el interior del garaje.
La ventaja de las J sobre las U es que la carga del kayak es más sencilla, puesto que accedes "desde más cerca" a las J y normalmente tienes que elevar menos el kayak para sujetarlo, aunque depende mucho del diseño de las J.
Otra ventaja de las U sobre las J es que aerodinámicamente funcionan mejor, al ir el kayak en posición de navegación o invertida, no ofrece tanta resistencia a vientos laterales como los que están instalados en J.
Para igualar en ventajas, te comento que las J permiten llevar más kayaks porque ocupan menos superficie por ir inclinados y no abarcar en las barras su manga completa.
Hay un tercer sistema consistente en unas barras verticales que permiten apoyar el kayak completamente "tumbado" lo que facilita el transporte de varios kayaks, que se sujetan en la baca y en el extremo de esa barra vertical.
Y un cuarto sistema que son las cunas, normalmente acabadas en goma que impide cualquier desplazamiento lateral o frontal del kayak una vez amarrado a la barra de la baca.
Ya ves que no es nada fácil decir cuál sistema es el más conveniente, ya que no es lo mismo subir un kayak de 18 kg que uno de 32 Kg, o uno de 3.5 m de eslora que otro de 5,20 m, ni siquiera uno con mucha quilla u otro con panza redondeada.
En cuanto al apoyo del kayak directamente sobre la baca del coche (sería un 5º sistema) es imprescindible utilizar algún material que evite rozaduras y contacto directo entre el casco del kayak y la barra y que, además, sea acolchado para que agarre mejor y proteja el casco durante los traslados de baches, frenazos, etc.
Por supuesto que este último sistema es el que requiere de más y mejor sistema de agarre, ya que no sujeta al kayak de manera tan segura.
Lo único que se me ocurre como opción a los "no agujeros" en proa y popa para sujetarlos a la baca es abrazar con nudos corredizos o con otro sistema la proa y la popa con la misma cincha, de manera que cuando se tense evite que los lazos de proa y popa se escurran, al estar unidos entre sí.
Entonces podrías sujetar el kayak por esos lazos a las barras de la baca, pero te recuerdo que es muy importante sujetar proa y popa a la parte delantera y trasera del coche, para evitar desplazamientos del kayak en vertical y horizontal: cualquiera que haya frenado bruscamente o que haya tenido un viaje largo con mucho viento, o simplemente que tuviese que subir o bajar una cuesta con mucha pendiente llevando el kayak en la baca podrá entender lo útiles que son esos cabos, que no deben ir ni muy tensos ni muy sueltos para evitar deformaciones en el casco o que llegado el momento no sujeten con firmeza al kayak.
Actualmente llevo unas cuñas de goma en proa y una U en la popa: con esto consigo cargar el kayak por la parte de atrás y deslizarlo hasta la cuna de goma. En algún momento me llamaron mucho las J para hacer la carga lateralmente, pero desistí al hacer mediciones de altura en el garaje.
Saludos,
Rafa