Koe:
Mi humilde opinión es que un kayak es de lo más aerodinámico que se puede llevar en la baca del coche con esas dimensiones, así que para una velocidad que no supere la legalmente establecida no tiene demasiada importancia que se coloque hacia arriba o hacia abajo.
Otra cosa es el tema de la lluvia, que te obliga a tapar la bañera o colocarlo boca abajo.
A lo mejor estoy equivocado, pero creo que es más aerodinámico colocado en su posición normal de navegación, ya que el viento que se genera al avanzar durante el transporte, desde el morro del coche hacia arriba, es el que puede hacer volar el kayak, y en esta posición seguro que ofrece menor resistencia a ese empuje vertical.
Monoc, en cuanto a lo de la separación entre barras, insisto en lo que dije en el enlace que coloqué más arriba: cada fabricante marca la situación de las barras y el peso máximo que pueden soportar, y en algunos casos ni siquiera es posible instalarlas fuera de esas posiciones por tener unos anclajes fijos.
Es posible que en algunos modelos de coche nunca se plantease el transporte de un kayak, pero seguro que si han estudiado que esa disposición y separación entre las barras que recomiendan, es la que mejor se adapta a los puntos que han de soportar mayor peso.
En mi coche esas marcas están situadas muy muy cerca entre sí (podéis ver la foto en el enlace que puse en mi anterior mensaje), en las barras longitudinales, y aunque a veces me he planteado colocarlas más separadas, nunca lo he hecho, y todo parece ir de maravilla con los cordinos de proa y popa lévemente tensados.
Saludos,
Rafa