Como comenta Anskar, el peligro de la mar de fondo está en navegar en zonas de poca profundidad, como suele ocurrir cerca de la costa. Si navegas a cierta distancia, en zonas profundas, es más bien divertido, al menos en el Cantábrico. Solo son olas de menor o mayor tamaño que te hacen subir y bajar. Parece un tobogán. También puedes surfear (y practicar el eskimotaje).
Creo que es fundamental conocer la zona donde estás navegando para saber que, cuando hay mar de fondo, puedes ir por tal sitio, y por tal otro por donde sules pasar no porque romperá la ola y puedes llevarte un susto.
También es muy conveniente saber "leer " la mar, al igual que se hace en el río. No es sencillo, pero se va aprendiendo en cada salida si te fijas un poco. Creo que esto último es muy importante, sobre todo cuando sales en un sitio desconocido. El problema es que es bastante complicado de explicar. No se si alguien se siente capaz de hacerlo.