Casi que Dona te lo ha expuesto perfectamente.
Yo te iba a preguntar que matizaras ese "mejor".
Como Dona dice, la forma más segura, aerodinámica, sería usando Ues, y que el kayak yendo en esa posición pues eso, va bien estable y le afecta menos el viento.
Si necesitas llevar dos kayaks, dependiendo de su manga y del ancho de tu coche, te cabrán dos.
Pero si necesitas llevar más, o no es que lo necesites, pero pienses en tal posibilidad algún día, las Jotas te permiten optimizar el espacio sobre tu coche.
Yo he resuelto de una forma casera, haciendo una cuna, que hace la función de unas Ues
http://www.kayakdemar.org/index.php?topic=11363.msg130293#msg130293y viendo mensajes sucesivos verás grandes ideas, y económicas, además de personalizarlas cuanto quieras.
A día de hoy sigo pensando que en algún momento será útil un sistema para llevar el máximo posible de kayaks. Sobre mi coche (C4) creo que caben bien 4 kayaks totalmente de lado, y si alargamos las barras, siempre que no pasemos del ancho máximo de nuestro vehículo es posible, (legal me refiero, y seguro por lo tanto). Por lo que tengo en mente que algo que sirva como unas JOTAS, pero más sencillo, una pieza vertical simple, donde apoyaremos el primer kayak en colocar, haría las delicias en más de un viaje con varios kayaks encima.