Hola Melilla.
uhmmmm! eso que cuentas pinta muy mal!
Bromas aparte, no creo que sea importante, más bien estetico.Puedes probar a limpiarlo con un poco de aguafuerte, seguramente salga.
Es dificil juzgar el origen sin verlo pero algunas ideas serian.
-El constructor no utilizo el tipo de gel coat adecuado (Isoftalico) y los ortoftalicos se muestran porosos(microporo superficial) y el problema radique en manchas por contacto.
-Que guardes el kayak en zona sombria y humeda y por contacto con microorganismos hayan colonizado el microporo (esto lo veras rapidamente sí se limpia con aguafuerte)
sí el tema te preocupa mucho, trata de colgar unas fotos y lo vemos.
Un saludo