Espera Jasper, no te desanimes tan pronto con los ríos españoles que son muy bonitos y valen la pena de navegarlos. La diferencia entre ríos españoles y ríos de centroeuropa es el menor caudal que tenemos en España dado que es un país más seco. Ello conlleva a que los impactos de las actividades humanas (agricultura, industria, navegación, etc.) sean más grandes que en el resto de Europa. Por ello, las autoridades de Cuencas hidrográficas hacen un control más estricto.
De todas formas, por lo general para navegar en kayak solo hay que rellenar un formulario y una declaración responsable, enviarlo a la confederación hidrográfica y te dan el permiso en unos días. Por ejemplo, en la zona de Mequinenza el permiso te lo dan gratis. Todo se baja de internet, lo rellenas y lo mandas por correo normal.
Si necesitas alguna ayuda, seguramente habrá quien pueda echarte una mano con los trámites.
En Portugal desconozco la normativa, pero calcula que sus ríos son los nuestros si no me falla la memoria, jeje.
Saludos!