A mi parecer, lo más económico(dinero/trabajo) es dejarlo tal cual. Pero como no veo imagen alguna, tampoco me voy a meter mucho en tu decisión.
De este modo irán ya tapados tales agujeros, y el cañero, pues oye, que aunque no lo uses, podrías usarlo para algo que se te ocurra.
Hay muchos tipos de cañeros, pero como dices que gira, me imagino de un tipo en concreto. Pero sólo eso, imaginación, a falta de más detalles.
Drakkar se refiere a este tipo, o eso entiendo.


El tuyo creo que será de este tipo, aunque sencillo, éste es triple

En teoría el soporte de la caña es desmontable de lo que es la base (la que va fija al kayak), así que soltando el soporte irás como sin cañero. Suposiciones, ojo.
Las obras/remodelaciones estancas en material plástico son algo complejas si uno no está puesto en ello, y aún así.