Por lo que leo entiendo se te plantean dos problemas:
1. Subir o bajarlo a la baca dado su tamaño y peso (por ser doble apuntas, yo te recomiendo uno individual y más oyendo lo que dices que no siempre habrá compañero ... tú te lo guisas, tú te lo comes ... o, el que quiera habas que las cueza

)
2. Posibilidad de deslizamiento una vez sobre la baca y mientras no lo tienes cinchado.
Una vez cinchado, y bien cinchado, el kayak irá seguro, ya vayas en llano o al Aconcagua.
Y sobre el punto 1, no veo yo que sea más complicado subirlo o bajarlo según el plano del terreno. Por lo que me da que tu máxima preocupación sea el posible deslizamiento una vez sobre el techo.
Para ello existen algunos materiales (con el término genérico de "goma" o plástico gomoso) con gran adherencia (¿sabes estas láminas para colocar cosas dentro del coche y que no se vayan en las curvas?) ... o sea, sobre las barras de la baca, además de las típicas espumas tendrías que recubrir la superficie donde apoyará el kayak con tales "gomas" (puede que la cámara de un neumático de bici te sirva)
Todo ello como solución casera, porque es verdad que hay sujecciones comerciales (típico en sistema U o V, por ejemplo de Thule o marcas más baratas) que ya la gomita pensada para apoyar el kayak tiene adherencia suficiente. Yo sé de las Thule de un compañero que aunque empujes el kayak éste no se desplaza, hay que levantar uno de los lados y empujar fuerte para que se mueva sobre el otro donde estará apoyando en ángulo.
Por el posible deslizamiento también se me ocurre que ya tengas colocado en un extremo del kayak, digamos la proa, un cabo con su mosquetón por ejemplo. Una vez el kayak sobre la baca y tú aún sujetándolo (para que no se escurra), irías desplazándote hacia la proa y sujetando el kayak hasta alcanzar tal cabo. Hecho eso, sería fijar tal cabo, bien con ese mosquetón u otro sistema, al sistema de remolcaje del coche. Lógicamente calculada la longitud del cabo para que el kayak no se mueva del sitio idóneo donde lo habías colocado.
De nuevo, sobre si lo más preocupante para ti es el problema 1. Subir o bajar un kayak individual a la baca de nuestro coche, dependiendo de su peso o tamaño, la talla de la persona, la altura del techo ... se puede hacer perfectamente desde el lateral del coche, cargándolo directamente al hombro, o bien usar la alternativa de escurrir por la trasera (o delantera) del coche (habiendo colocado una toalla o algo que evite rascones al coche) el kayak, hasta dar apoyado en el suelo ese extremo del kayak y continuar con el otro tramo del kayak que todavía está apoyado en el coche. O, por último, basándonos en esa misma ayuda de ir deslizando el kayak y bajar extremo por extremo, colocar en una de las barras de la baca un tramo lateral, que prolongue lateralmente esa barra, sobresaliendo lo suficiente de la planta del coche, y entonces el procedimiento es una cosa intermedia entre los dos anteriores. Primero desplazas un extremo del kayak a esa prolongación lateral (el kayak te queda apoyado en una baca, sobre el coche, y en esa barra, por lo tanto, diagonalmente sobre el coche). Segundo, desplazas el otro extremo del kayak (el que aún está sobre la propia baca). Y finalmente haces escurrir poco a poco hasta que ese extremo toque el suelo, siguiendo con el descenso del extremo que todavía estaba en la prolongación lateral.
Sobre este último sistema, algo gráfico hay en el foro, si es que no se ha borrado. Busca a ver si hay suerte, porque una imagen vale más que mil palabras, y ... por si no me entendieras o me hubiera explicado algo mal
