Hola, Lionel.
Como te han comentado, en España no es necesario ningún trámite ni documentación para navegar en el mar, pero en los ríos sí que hay restricciones para evitar la expansión de especies invasoras (principalmente moluscos que se pegan al casco de las embarcaciones).
Cada cuenca hidrográfica tiene su "confederación hidrográfica", que es el organismo que regula la navegación. En Cataluña tienes la Confederación Hidrográfica del Ebro (CHE), que gestiona el río Ebro y todos sus afluentes desde Cantabria hasta el delta, y alguna confederación más, ¿Confederación Hidrográfica del Pirineo Oriental?
Algunas confederaciones cobran por los permisos, pero en el caso de la CHE es gratis (al menos hasta la última vez que los renovamos, tenemos tres). Aquí:
https://www.chebro.es/navegacion-2El problema es que con la gestión única, ahora parece que te reenvían a la sede electrónica del ministerio. Allí ese trámite se debería pode hacer identificándose mediante cl@ve (busca un enlace con ese logo). cl@ve funciona con una app en el teléfono móvil, y en principio basta con el NIE, no siendo necesaria indentificación nacional.
Disclaimer

todo lo de arriba lo he escrito basándome en mi escasa experiencia, no lo des por válido.