Hola JR.
Al principio, cuando compras un kayak, da igual que seas experto o novato, tienes que adaptarlo a ti.
Ir probando poco a poco, un día tras otro, cuando hagas salidas, lo que vas sintiendo y que puedes mejorar del kayak para ir mas cómodo, no te agobies, es normal.
Para los muslos, como te han comentado lo mejor es una esterilla de acampada, le recortas el trozo que vas a necesitar para usar y lo puedes pegar con Araldit o cualquier otro pegamento cola que te recomienden en la droguería para pegar ese tipo de material.
La esterilla te aconsejo que intentes buscarla no plástica, hay otras de una composición menos plástica, así te sudaran menos las piernas, mas ahora en verano.
Lo de la sensación de los pinchos es de la fibra que esta mal sellada y suelta las microfibras de vidrio, que eso pica tela,

Intenta darle por dentro un buen lavado con agua, jabón y cepillo, así saltaran las fibras que estén mas sueltas y te quitaras parte del problema.
Si persiste, ya tendrás que darle un sellado con resina, te venden un pack en las droguerías de fibra de vidrio y resina para pegarla, si te venden solo la resina con su catalizador pues mejor, con una brocha y le das por dentro, así se sella y no creo que tengas mas problema.
Pero todo eso antes de poner la esterilla, la esterilla es solo para ir mas cómodo y acoplarte al kayak, para que vayas sujeto sin hacerte daño.
Si ves que es un poco lió, no se donde vives? Pero en las fabricas de kayak o alguien que trabaje la fibra de carrocero te lo hacen, lógicamente pagando.
Respecto al cable del timón, puedes meterle un tubito y pegarlo al casco con el mismo pegamento, a la altura que necesites y así ya no debe rozarte.
Un saludo.