Yo antes de modificar el kayak probaría con un cubre con goma más estrecha, como por ejemplo los de Reed.
Los de neopreno, que supongo es el que usas, llevan una goma como de 8 mm al menos. A eso súmale el grosor del neopreno (mínimo 3 mm) y la costura necesaria. Diría que necesitas un espacio de, mínimo, 10-11 mm.
Los de Reed, la goma andará en 6 mm y el espesor del material -Aquatherm- ¿1 mm? es bastante menor al neopreno. Unos 7 mm es el espacio que necesitas.
3-4 mm te puede parecer poca diferencia, pero piensa que en realidad es bastante. Si el hueco que hay es de 8 mm, el Reed entrará perfectamente, en cambio uno de neopreno ya necesita que presiones.
O le cambias la goma al que usas, por una más fina.
Puedes probar con diferentes cordinos antes de comprar una goma concreta y ver qué grosor entra y ajusta bien ahí.