Si es comprado recientemente vete a la tienda para arreglar esa costura, o que te den otro nuevo.
No tiene sentido vender un kayak, del tipo y calidad que sea, al cual le entre agua desde el principio por una zona que debe ser estanca.
Yo lo veo en la pág. del Deca, y hasta muestran un vídeo.
En principio la estructura (forro) es una, sólida/estanca como una balsa debería serlo. Le das forma inchando dos flotadores que serían los laterales del kayak/canoa.
Podría entrar agua al espacio intermedio, entre ese forro y los flotadores, ya tienen previsto un agujero para su vaciado.
Pero nunca dentro del habitáculo por así decirlo debido a una fuga(costura no estanca en tu caso) en el "casco" (estructura o forro interno en tu caso).
¿No será que el agua acumulada en el habitáculo/bañera sea por la propia que escurre al ir paleando, y alguna olita que te sobrepase adentro?
Y, lo que dice Lastpol, una espoja sirve para chupar y luego expulsar tal cantidad mínima de agua.