Como prefieras, menos así
http://www.kayakdemar.org/index.php?topic=13197.msg228200#msg228200Yo los he llevado boca abajo y finalmente boca arriba, nunca en jotas, y desde luego nunca he notado que el coche gane o pierda tracción, o sea, en la práctica, conduciendo, no se nota que vayan con bañera para abajo o para arriba. Ahora bien, ante vientos laterales fuertes sí he notado que tiende a desplazar el coche, luego hay que corregir con el volante, poco o mucho, pero se nota. Por lo tanto, en esta situación llevarlo en jotas sería la peor forma.
Las jotas levantan mucho y ante viento lateral crean mayor resistencia que si van planos, están pensadas para aprovechar el ancho del vehículo, colocando así más kayaks, sin tener que montarlos entre sí, que si fueran planos.
En una furgo te caben perfectamente dos kayaks de forma plana, pues en muchos turismos también entran.
Mi primer kayak, de plástico, empezó yendo boca abajo directo sobre las barras, me ahorraba cubre ciego y si llovía mientras me trasladaba no cargaba agua.
Recuerdo que una vez lo puse boca arriba y se deformó el caso, así que nunca más.
El siguiente, de fibra y es con el que sigo, Solaris de Goltziana, también empezó yendo boca abajo, igualmente directo a las barras ... pero con el tiempo, por apretar las cinchas, se despegó en un tramo la brazola. Desde ese momento lo llevé boca arriba y al poco le instalé una especie de cama, para que el apoyo no fuera directo a las barras.

La foto te da una idea, pero te concreto que en las barras de la baca apoya la quilla, y en los tubos laterales añadidos apoya el pantoque. También decir que uso unas espumas mayores a las que ahí salen, con lo que el apoyo es más repartido.
En fin, en el movimiento de avance del coche no deberías preocuparte sobre este asunto. Es en la estabilidad lateral ... aunque tampoco te va a sacar de la carretera ninguna ráfaga fuerte, pero ciertamente se nota.