La primera pregunta sería ¿dónde localizas que la grafía "nauja" sería gaviota? Yo he localizado varias páginas con diccionarios, pero hay que usar el inglés como la otra lengua principalmente. O sea, no hay diccionario inuit-español y viceversa 
Anonadado me has dejado...

bueno a ver si vamos por partes, que me pierdo con tanta consulta duda y pregunta,
por una parte lo de que nauja significa gaviota (Sea Gull) lo sabia ya por estos dos enlaces
http://www.lowchensaustralia.com/names/eskimonames.htm y
http://babynames.merschat.com/el primero tiene partes que se corresponden mal la palabra inuit y la traducción al ingles (alguien se ha comido alguna linea

, pero se pueden verificar en el segundo enlace.
Ademas, una vez decidido por nauja, pude corroborar el significado por este documento
http://www.acquavela.com/historia.pdf , la goleta en cuestión está en Vigo y creo que hace trayectos a las Cies.
Ahora bien, buscando la pronunciación fonética de nauja encontré este diccionario donde no solo me confirma el significado sino la palabra original escrita en Inuktitut, ???.
http://www.livingdictionary.com/term/viewTerm.jsp?term=56005912801De ahí pasamos a este otro enlace
http://en.wikipedia.org/wiki/Inuit_languages donde viene una tablita con la transcripción de la simbologia inuit a caracteres románicos, una tabla con más detalle aqui
http://en.wikipedia.org/wiki/Inuktitut_syllabicsY por ultimo con el enlace que puse
http://en.wikipedia.org/wiki/Inuit_phonology y partiendo de que en caracteres romanicos ??? es nauja con las tablas que traen de pronunciación he sacado la conclusion de que se pronuncia naulla o nauya con la n nasal.
Lo mismo he dado por supuesto algo por el camino, pero creo que no voy mal encaminado. Además como bien comentabas y teniendo en cuenta que es una transcripción fonetica al ingles, es de suponer que lo han escrito conforme lo oian y en ingles se leeria nauya o naulla, con lo cual me vale.
Ahora la duda es si lo escribo en el kayak en caracteres romanicos, nauja, o en inuit ???
