Piensa que sólo es repartir el peso en la mayor superficie posible. Si tienes sólo 2 barras ponle 4, o 6, u 8 incluso, así hasta el infinito

Por otro lado, tus kayaks son de plástico (en fibra esas deformaciones no suceden, yo lo apoyo en dos caballetes sencillos), me temo que los dos, uno ya sabemos que estuvo deformado y lo has arreglado, y era de plástico claramente.
Yo lo colocaría boca abajo.
Cuando yo tenía uno de plástico siempre lo llevaba boca abajo sobre la baca (dos barras y directamente sobre ellas) y ninguna pega. Cuando un día lo llevé boca arriba, luego apoyado en la baca por el fondo, observé que esa zona donde apoyaba se había hundido, por suerte volvió a su forma original simplemente dejándolo en el suelo (plano y liso)
Si lo tienes parecido a eso

O ponerle más barras, o como te han dicho, échale una tela/red de una barra a otra, y cuanto más "abrace" el kayak mejor (haría como las cunas comentadas). Fíjate que lo que funciona es lo que te indico al principio, ampliar la superficie de apoyo. No es lo mismo una red de digamos 4x0,2, que otra que "abrace" completamente al kayak (haciendo cuna claramente) por ejemplo 4x0,8
Ahí puedes ver cómo almacenaba yo mi Tiwok, de plástico
http://www.kayakdemar.org/index.php?topic=4072.msg39042#msg39042
El plástico transparente que ves bajo la proa, parece que no, pero le daba cierto apoyo ahí. Y el resto bien se ve, cuatro tablas, más o menos anchas, aprovechando esa estructura de madera que no sé de donde salió, estaba en el mismo bajo donde se ve.
Las coloqué así, con la base amplia hacia arriba para repartir mejor el peso, te darás cuenta ¿no?