Hola Carlos,
No se que decirte porque el plan en el que he ido yo a sido de muy tirado, durmiendo en islas con casas abandonadas además de en avión con la hinchable.
De todas formas como algo común sería hacerte con un par de mapas, uno de toda la laguna donde vengan todas las islas que son muchísimas y otro solo de la propia isla de Venecia. Para optimizar tus movimientos también sería recomendable trazar antes en lápiz el recorrido por las islas y sobre todo el que hagas por los canales de venecia (es un poco laberinto y si no llevas un orden puede pasar varias veces por el mismo sitio).
Problema de agua no tendrás porque hay fuentes potables en todas las islas grandes y para comprar comida también te recomiendo que busques en google maps supermercados y te marques en el mapa los que estén en la orilla de algún canal. No son fáciles de encontrar.
para dormir, yo estuve hace años en un HI (hostelling International) que está en la Isola della Giudecca (Venecia) tienes internet gratis, muy bonito, a pie de canal y barato si pillas habitaciones comunes. Te tendrías que sacar el carnet de HI que serán unos 6€ o así y dura un año. No creo que sea problema dejar el kayak amarrado cerca con una cadena como hacen las barcas de los locales. La otra opción es un camping, no se muy bien donde está pero lo ponen en este mismo hilo. Yo lo intente buscar para darme una ducha después de seis días

pero no lo encontré sin la dirección exacta.
Y por supuesto vicac en islas, hay muchas y por esa epoca no se debe de estar mal.
No se, poco más te puedo decir, como ruta alternativa también esta bien visitar las exclusas del proyecto Moises y salir al adríatico y sobre el tráfico de barcos comentarte que hay mucho pero son unos "profesionales" así que se portan más o menos bien quitando gas al pasar, sobre las góndolas igual eso si en sitios estrechos mejor darles paso por cortesía ya que las pasan un poco chungas y los dos no entráis ni de coña.
Por cierto, sobre animales, si vivaqueas ojo con la hierva, dos noches me tope con alacranes.
Bueno espero que te ayude y cualquier cosa me dices!
saludos!!