Hola Garrakus
Inyectar espuma de poliuretano de verdad que no te lo aconsejo.
Haz unas plantillas de cartón, lo más precisas posibles. Copia las formas a espuma de celda cerrada, tipo tabla de natación o similar. Tambien puedes usas Styrofoam o similar de construccion (poliestireno extruido generalmente en color azul,rosa,etc) es barato y facil de localizar.
Ajustada la forma en su sitio, marca el contorno en el kayak, sacas el tabique y lijas lijeramente con grano 60 u 80 la zona del kayak donde asienta.
Despues aplica un cordon generoso de sika 11FC, introduces el tabique en posición y por la junta vuelves a dar otro cordón.
Si lo has conseguido hacer estanco, estaras expuesto a que las presiones y depresiones del aire interior empujen el tabique. Necesitarias una valvula,tapón, etc... En su defecto en una esquina del tabique haces un agujero de 1 o 2 mm y será suficiente para que respire.