Trocadero, si tienes el permiso yo iría a navegar sin preocupación. Los guardas sería lo que te pedirían, además de comprobar la matrícula.
Que esté pagado o no ellos no lo miran, no te piden ningún recibo de justificación de pago que yo sepa.
A menos que el permiso te lo tengan que sellar o algo así, tras haber pagado vía administración su importe.
En fin, sea como sea, me parece una tomadura de pelo por parte de la administración. Te dan el permiso y aún no lo has pagado (si es que hay que pagar algo, claro), pues muy grave no debe ser ir sin permiso, digo yo, que no pidan nada entonces

No saben ni lo que tienen que hacer, cada una a su bola, por lo que veo.