Yo a veces lo llevo "boca-abajo", pero solo porque en el interior de la bañera, el kayak tiene una argolla "anti-robo" y a través de esta, lo llevo atado a las barras de la baca.
Pero lo normal, es que lo lleve "boca-arriba", con una tapa "cubre-bañera" ciega.
Esto de cubrir la bañera, es bastante interesante, pues la bañera abierta, genera turbulencias, que frena bastante el coche y lo hace consumir mas. Además, sirve para llevar las prendas mojadas en el interior del kayak y de esa manera, el interior del coche no huele.
Lo de ponerle el propio "cubre", atando el cuello con un cordino, lo he probado (cuando dejo olvidado el cubre-bañeras ciego, en casa) y funciona igual de bien. Y antes de comprar este último, llevaba uno fabricado con un trozo de plástico y un cabo elástico.
http://www.kayakdemar.org/index.php?topic=11708.15Desde luego, la mejor manera de llevar el kayak, es con unas cunas o "U´s".