Yo intentaría aprovechar el mamparo que ya tienes. Si eso es imposible, lo haría de nuevo usando el mismo material, lo más normal es que sea polietileno, lo mismo en que está hecho el kayak en sí.
Para mí que el error fue en fábrica, seguramente una máquina hace las soldaduras y, en concreto tu kayak, de algún modo presentaron mal el mamparo (por motivos varios). Claro, el ordenador hace que la cabeza soldadora siga siempre la misma forma, pero si el mamparo está mal presentado, la máquina no detecta eso y suelda siguiendo el mismo perfil que siempre.
Todo esto lo supongo para explicar todo lo que nos has detallado, y si es que te he entendido bien, en concreto para el hecho de que el mamparo presentara tantas torceduras o formas curvas, por así decirlo.
Si fuera soldado por una persona el mamparo debería estar bien soldado y no adoptar una forma extraña. Porque eso una persona lo ve, claro, y tiene la capacidad para apañarlo o al menos indicar la incidencia. No me imagino a un soldador haciéndolo de memoria y sin fijarse si está soldando bien lo que hay que soldar, sería la hostia, mejor dicho, no estaría trabajando de eso

Si de algo dependen los soldadores es de la vista y ver bien qué están haciendo y por dónde van soldando.